農業者等に対する資金の融通は、農業生産の特殊性等に起因した信用力不足もあって必ずしも円滑に運ばない面もあります。そこで、農業者等の信用力を補って資金を借り易くするために、法律に基づき債務保証制度が設けられています。
農業近代化資金その他農業経営に必要な資金の融通の円滑化を図るため、農業者等が農協等民間金融機関から借り受ける際に、熊本県農業信用基金協会が債務を公的に保証します。（一定の要件により無担保・無保証人になります。）
農業信用基金協会は、借受者が償還不能となった場合、借受者本人に代わり金融機関に対し代位弁済しますが代位弁済後は、農業信用基金協会が、借受者から直接回収を行います。