県内各地に分散していた農業関係の試験研究機関を統合して、農業技術開発の拠点として平成元年4月に発足。現在は、農産園芸、茶業、生産環境、畜産、草地畜産、い業、果樹の専門研究所と、高原（阿蘇）、球磨、天草の地域研究所から構成されています。
センター本館は合志市に位置し、総面積100haの中に、本部機能を持つ管理部、企画調整部及び農産園芸、生産環境、畜産の各研究所があります。
現在は「食の安全」への消費者意識の高まりや、気候温暖化問題などの新しい情勢も踏まえながら、新品種の育成、栽培・飼養管理技術の確立などの研究を中心に、本県の農業分野における技術革新の拠点・農業情報の発信基地として大きな役割を果たしています。